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二氧化碳的主要去路主要是消耗于水生植物的光合作用。水體中溶解CO2、H2CO3、HCO3-和CO32-之間以及它們和氣相CO2、固相CO32-之間存在著一系列物理化學平衡，構成“二氧化碳平衡體系”。

因此，CO2和H2CO3降低水的pH值，HCO-3和CO2-3則使pH值升高，因此二氧化碳平衡系統的存在對于pH的變化起到緩沖作用。在淡水水體常溫下，pH＜6.4時CO2占優勢，pH＞10.4時CO2-3占優勢，pH6.4～10.4時HCO-3占優勢。

二氧化碳是自養生物的主要碳源，但含量過多時則有毒。天然水中二氧化碳含量少（0.2-0.5ml/L）,由于二氧化碳平衡系統供應和調節，一般不起抑制作用。但在軟水湖泊，高溫強光時水華大量發生，二氧化碳急降，起限制作用。二氧化碳過多也影響光合作用，使光合作用率降低。

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